Dieser Reinigungsschritt ist erforderlich, um der Verschmutzung (Biofouling) der Membranen der umgekehrten Osmose vorzubeugen. Mit Hilfe der Dosierung von (flüssigem) Sauerstoff entstehen im aktiven Kohlefilter so günstige Bedingungen für Bakterien, dass sie die Nährstoffe (Nutrients)  in Wasser und Kohlendioxid umsetzen. Dadurch nimmt das Biofouling in den Membranen erheblich ab. Überschüssige Bakterien (Biomasse) und das Spülwasser werden zur Abwasserreinigungsanlage zurückgeleitet. Der Kohlefilter kennt zwei Arbeitsschritte. Der Kohlefilter verfügt über einen Vor- und einen Nachfilter. Die Filter haben eine Filtergeschwindigkeit von 10 m³ pro Stunde und 5 m³ pro Stunde. Ein Sieb entfernt kleine Aktivkohleteilchen, bevor das Wasser wieder in den Speicher zurückgeleitet wird. Das Wasser hat nun fast Trinkwasserqualität.